20世纪30年代，日本帝国主义的铁蹄在华夏大地肆虐，千千万万的普通人家遭受惨烈荼毒。夏家镖局遭到日本人灭门，夏家的女儿潇雪（姚芊羽 饰）侥幸逃过一劫，在此过程中与平凡书生邂逅唐问生（吴卓羲 饰）。短暂的相遇过后，两人分别踏上不同的人生之路。潇雪随着大姐（萨日娜 饰）加入共产党，问生则在叔叔唐定乾的安排下进入军统训练营受训。学成的问生更名绍岩打入共产党内部，在与潇雪重逢后两人结为夫妇。而另一方面，唐定乾暗中替日本人卖命。
　　在时代的汹涌浪潮推动下，所有人的命运都不知不觉发生着改变。儿女情长抑或家国大义，他们面临重要的抉择……

　　年代战争题材
　　这个戏写的是白洋淀雁翎队的故事，大家知道的《小兵张嘎》说的就是那里的事儿，不过《水上游击队》的主人公是游击队的队长魏光明和副队长丁水妹，嘎子在里面晃了一眼，只是一个很小的配角，按照现代的人性观念，我觉得让一个小孩子去打打杀杀是不太人道的。
　　真实的战争是残酷的、枯燥的、恐惧的、混乱的，肯定不像文艺作品中那么曲折离奇、悬念迭出、激动人心。为了让戏好看，正邪双方的力量和对抗都加强了很多，而且，本剧中的各方都足够聪明，因而对杀起来就更加扑朔迷离、惨烈异常，看过剧本的同志评价，这个戏的节奏和对抗性都很“美剧”。另外，在创作剧本的时候还保留了一点私心，尽可能地还原历史的大背景，比如并没有刻意丑化日军，对于我军“平型关大捷”、“百团大战”尽量去除水分，做客观描述，对国军在抗战中的贡献有所交代，还特意安排了一个前国军的营长参加雁翎队，做教官。