荒郊中的兰若寺频频有人丧命，身无分文的书生宁采臣（张国荣 饰）不顾道士燕赤霞（午马 饰）的反对借宿在此。深夜，宁采臣邂逅女鬼聂小倩（王祖贤 饰），却不料小倩突露杀机，宁采臣的正直、善良打动了小倩，两人展开了一场旷世人鬼绝恋。此事被掌控着小倩的千年树妖姥姥（刘兆铭 饰）发现，欲将小倩许配给黑山老妖。一边是姥姥的威逼利诱，一边是赤诚书生的情义初起，小倩陷入两难选择……
宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……
武术大师黄飞鸿之父黄麒英，这位有着深厚武学功底的中医医师乐善好施、一腔热血，在人生历经曲折后铲奸除恶、行医济世，传递医道与武道精髓。
