一边在自家的餐馆“幸平”帮忙，一边磨炼料理水平的幸平创真，进入了超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”。创真在学园内外与各种各样的料理人相遇并不断成长，但随着薙切蓟就任远月学园的新领袖，状况发生了转变。在新创设的中枢美食机关影响下，无法再自由地制作料理……创真等人反对中枢美食机关的做法，结果却被视作学园的背叛者。
　　——之后，他们迎来了二年级升级考试。即使遭人白眼，众人仍然齐心协力突破考试，但中枢美食机关的妨碍并未停止。同伴们终于遭到退学处分的打击！被逼入绝境的创真等人为了打破这一状况，决定与蓟政权下的新远月十杰展开连队食戟。初战取得了压倒性胜利，但决定他们命运的激战才刚刚开始。终于迎来2nd BOUT！究竟创真等人能否夺取十杰之座，拯救同伴呢？

　　曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。
　　被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？

　　藤井夏生（八代拓 配音）幼年时失去了母亲，因此对年长的女性充满了憧憬。一次偶然中，夏生在学校的楼顶遇见了英语老师橘阳菜（日笠阳子 配音），阳菜温柔的身影深深的将夏生吸引，令他不自觉的坠入了爱河。然而夏生知道，自己和老师是不可能有结果的，于是，他将郁闷发泄到了联谊活动之中。
　　在联谊会上，夏生邂逅了名为瑠衣（内田真礼 配音）的女孩，那一天，瑠衣将自己的第一次献给了夏生。之后，夏生的父亲告诉他自己即将再婚，而女方要带她的两个女儿住进夏生的家中。让夏生没有想到的是，这两个姑娘竟然正是阳菜和瑠衣。